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性同一性障害の法律上の定義は、｢生物学的には性別が明らかであるにもかかわらず、心理的にはそれとは別の性別（以下「他の性別」という。）であるとの持続的な確信を持ち、かつ、自己を身体的及び社会的に他の性別に適合させようとする意思を有する者であって、そのことについてその診断を的確に行うために必要な知識及び経験を有する二人以上の医師の一般に認められている医学的知見に基づき行う診断が一致しているものをいう｣と示されています。
要するに、人格的には自分が別の性に属していると確信している状態の人、体の性と心の性が一致していないということです。
主に幼少期の頃から自分の性に不快感を持ち、初恋や思春期など、周囲の同性とは明らかに違う自分を自覚している人たちがほとんど。彼ら・彼女らは、与えられるおもちゃからランドセルの色、制服、体操着、名前など、周囲の反応と自分の心の違和感に悩んできた経験を持っています。
ちなみに、体は男性だが心は女性という人をMTF(Male to Female)、体は女性だが心は男性という人をFTM(Female to Male)と呼びます。

また、一言に性同一性障害といえども種類はさまざま。転換を望み、完全に体を異性にする人たちは、トランスセクシュアル。性転換はせず、性別を男女という２分化だけで判断しない人たち、または性転換手術が終了していない人たちは、トランスジェンダー。自分の性を不快と思わず、服装だけを異性に変える人たちはトランスベスタイト。こちらは、主に変身願望や女装癖のある人を指します。
よく混同されがちな｢同性愛｣と｢性同一性障害｣とは、全く種類が異なります。同性愛は、自分の性を理解し、自分の性のまま同性を愛する人たちのことを指します。

性同一性障害の人たちが望むことは、心の性と体の性を近づけること。このような人たちがどのようにして体を変え、戸籍を変えるのか。男性から女性へ性を変える基本的な流れを見てみましょう。 まず、手がかりとしてホルモン治療に挑むことが主流です。ホルモン治療とは、ホルモン剤を１日１回服用、ホルモン注射を月に１〜２回ほど打つこと。
女性ホルモンを注射すると、乳腺組織の増大、腰周りや下半身の脂肪沈着、体毛が薄くなる(頭毛は濃くなる)、精巣の萎縮、性欲減退などの症状が現れます。また、徐々に胸が膨らみ、女性らしい体つきを得られます。しかし、乳がん、ダルさ、肥満、血栓が出来やすくなるなどの副作用もあります。

さらに精巣切除術。睾丸を除去することで、いわゆる去勢です。睾丸を除去すると、女性ホルモンの投与と同様、体内の男性ホルモンの分泌が少なくなり、女性らしい体つきに変化していきます。

次に豊胸手術を行います。女性が行う手術とほぼ同じですが、肩や体のバランスを考え、いわゆる｢巨乳｣にする人は少ないそうです。

そして、性転換手術。性器を手術で取り除くことです。より女性らしくするため、膣形成の手術を受ける人も多いとのこと。主にタイなどで手術をする人が多く、性器の除去、膣形成の２回に分けて１ヶ月前後の通院が通常です。

2004年からは、戸籍上の性別を変更することも可能になりました。戸籍変更の条件は５つ。 2006年12月の調べでは、日本で戸籍変更をした人は573名。ただ、カミングアウトできない人たちや、一人で悩む性同一性障害の人たちの数は、１万人を越えるとも言われています。